Такой курс побуждал руководство компартии гораздо решительнее, чем прежде, рассеивать ложную версию правящих кругов Японии о том, что-де японские коммунисты — это не более чем агенты Советского Союза и что их борьба против засилья американцев направляется исподволь «рукой Москвы». Чтобы отвести от себя подобные клеветнические обвинения, руководство КПЯ стало прилагать чем дальше, тем больше усилий для того, чтобы дистанцироваться от КПСС, демонстрируя всем свою «независимость и самостоятельность». Этот курс в начале 60-х годов нашел свое выражение в небезызвестной фразе генерального секретаря КПЯ Миямото Кэндзи, суть которой сводилась к тому, что, в отличие от «проамериканской» правящей либерально-демократической партии и от «просоветской» социалистической партии, коммунистическая партия — это «прояпонская» партия, озабоченная прежде всего защитой национальных интересов японцев. Стремясь сыграть на ущемленном национальном самолюбии японского населения, лидеры коммунистов стали выдавать себя за более ревностных националистов, чем лидеры других парламентских партий страны. Курс этот стал все заметнее сказываться не только на теоретических установках руководства КПЯ, но и на его организационной деятельности, хотя на рубеже 50-х — 60-х годов многие лидеры КПЯ продолжали по-прежнему, но без излишней огласки сохранять контакты с КПСС, весьма полезные для них хотя бы потому, что такие контакты помогли им поддерживать и расширять свои связи с мировым коммунистическом движением. Этим объяснялось, например, создание в те годы в Москве корреспондентского пункта газеты «Акахата» и отъезд в Москву из Токио собственного корреспондента этой газеты Угаи, который, кстати сказать, заходил перед своим отъездом в токийский корпункт «Правды», с тем чтобы получить информацию о будущих условиях своей работы в Москве, включая полезные советы бытового характера.
Но были в руководстве ЦК КПЯ и сторонники иных оценок взаимоотношений Японии и США. К ним относились такие члены руководства КПЯ как Касуга Сёдзиро, Камэяма Кодзо, Ямада Рокудзаэмон и некоторые другие. Их взгляды сводились к тому, что Япония, несмотря на американскую оккупацию, продолжала оставаться высокоразвитой, империалистической страной, хотя и попавшей во временную зависимость от США. Следуя этим взглядам, они считали, что беда японского народа состояла в том, что монополистическая буржуазная Япония, преследуя свои корыстные цели, пошла на сговор с США, и что поэтому главное зло кроется в антинациональной, компрадорской политике японского монополистического капитала, интересы которого выражала правящая либерально-демократическая партия. Путь к ликвидации зависимости Японии от США эта группа японских коммунистов видела прежде всего в развитии борьбы против правящих кругов Японии, за освобождение страны от власти японских монополий и лидеров правящей либерально-демократической партии, за переход власти в руки сторонников ликвидации военного союза с США.
Эти расхождения теоретического порядка свелись, в сущности, к спору о том, кто главный враг японского народа: американский империализм или японский монополистический капитал. На рубеже 50-х — 60-х годов этот спор стал исходной основой разногласий, охвативших не только ряды КПЯ, но и связанные с ней массовые общественные организации, в частности Всеяпонскую федерацию органов студенческого самоуправления (Дзэнгакурэн), объединявшую около 200 тысяч японских студентов и проявлявшую в то время исключительно интенсивную политическую активность. Мощным стимулом к усилению этих разногласий стали в конце 50-х годов массовые выступления японской общественности против затеянного правительством Киси пересмотра американо-японского военного «договора безопасности» с целью мнимого усиления самостоятельной роли Японии и превращения этого договора в военный союз Японии с США.